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DATA 1.4 – Analyse de données biologiques à grande échelle avec R (High-dimensional biological data analysis using R)

DATA 1.4 – Analyse de données biologiques à grande échelle avec R (High-dimensional biological data analysis using R)

Apprendre à traiter des données biologiques à grande échelle en utilisant R !
En distanciel synchrone*
Science des données
  • Prochaine édition : à venir
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Présentation

La formation DATA 1.4 – Analyse de données biologiques à grande échelle avec R offre une introduction approfondie aux techniques d’analyse et de visualisation de données complexes issues de la biologie, telles que les données transcriptomiques et génomiques. Ce cours aborde les problématiques liées à la gestion de grandes quantités de données, en se concentrant sur l’optimisation des performances avec R et ses bibliothèques, notamment data.table et igraph. Les participants apprendront à importer, nettoyer, et analyser des données massives tout en développant des compétences pour choisir les méthodes appropriées de visualisation, comme la réduction dimensionnelle avec PCA et tSNE.

Programme

1. Introduction aux données biologiques à grande échelle

  • Exemples de données (Transcriptomique, Génomiques, …)
  • Variables et Observations (Catégorielles / Quantitatives)
  • Structures de données : tables, hiérarchiques, graphes, hybrides
  • Problème de la dimensionnalité des données
  • Limites et contraintes de l’analyse de données à grande échelle

2. Outils pour l’analyse et la visualisation de données

  • Formats de fichiers, conversion, reformatage, compression
  • Avantages et limitations de R pour l’analyse de données à large échelle
  • Utilisation de la bibliothèque data.table
  • Interfaçage de R avec Python en utilisant la librairie reticulate
  • Stratégie d’analyse avec R, optimisation des performances

3. Visualisation de données

  • Réduction de dimensions avec PCA et tSNE
  • Visualisation en 2 dimensions de données à large échelle
  • Visualisation de données sous forme de graphes avec la librairie igraph
  • Application aux données de transcriptomiques et protéomiques

Méthodologie

Théorie
Pratique

Objectifs

  • Comprendre les concepts fondamentaux de l’analyse et de la visualisation de données biologiques à large échelle
  • Apprendre à importer, nettoyer et prétraiter des données biologiques
  • Apprendre à manipuler et visualiser des données volumineuses ou comportant un grand nombre de variables et d’observations
  • Développer la capacité de choisir les bonnes méthodes et librairies pour l’analyse de données à large échelle. Apprendre à utiliser les librairies data.table et igraph

Equipe pédagogique

Intervenant

  • Matthieu Defrance
    Senior Researcher at IB2
    Université libre de Bruxelles

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Horaire

Durée

2 sessions de 3 heures

Prochaine session : à venir

Lieu

En distanciel synchrone* via teams

Admission

Pour qui

  • A compléter 

Pré-requis

Tarifs

Tarif plein :

  • 380€

Tarif réduit pour les doctorants & institutions hospitalières ULB :

  •  190€

Tarif réduit pour les institutions publiques, académiques et ASBL :

  • 270 €

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Contact

Garance VERMEYLEN

Coordinatrice de la formation

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